Jing's Notes
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【MOKIT】MOKIT及其相关软件编译过程

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Valine： 本文字数： 2.3k 阅读时长 ≈ 2 分钟
进行Linux下MOKIT编译过程和gamess的编译，OpenMolcas的编译

参考量子化学公众号的博文：

MOKIT编译

方式1

  1. 下载MOKIT整个源码压缩包，在Linux系统下的安装目录解压，重命名

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    unzip mokit-master.zip
    mv mokit-master mokit

  2. 进入mokit文件夹编译

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    cd mokit/src
    make all

    注意：该步骤之前需要先找到Intel编译器的目录，否则会出现没有ifort命令的错误。

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    source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64

  3. 编写mokit的运行脚本mokit.sub

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    #!/bin/bash

    export MOKIT_ROOT=/home/$USER/software/mokit
    export PATH=$MOKIT_ROOT/bin:$PATH
    export PYTHONPATH=$MOKIT_ROOT/lib:$PYTHONPATH

    export ORCA=/home/scicons/orca_4_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi313
    export GMS=/home/zhaojing/software/gamess/rungms

    automr ${1}>& test.out&

    需要用到Gaussian、Gamess、ORCA、molpro等软件：

    • MOKIT会识别系统中的GAUSS_EXEDIR变量，必要时自动调用Gaussian软件。但是有时候无法识别就需要手动在sub文件中添加以下三句，将g16root=后更改为服务器中高斯的目录即可。

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      export g16root=/home/scicons/Gaussian16B
      source $g16root/g16/bsd/g16.profile
      export GAUSS_SCRDIR=`mktemp -d`

    • 变量ORCA对应量化软件ORCA可执行文件的完整路径

    • 变量GMS对应量化软件GAMESS可执行文件的完整路径（如果没有需要进行安装）

    • PySCF、OpenMolcas和Molpro软件分别由python、pymolcas和molpro命令运行，无需告诉MOKIT它们的位置。

  4. 将mokit.sub修改为可执行文件，运行即可

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    chmod +x mokit.sub
    mokit.sub xxxx.gjf

方式2 conda 联网安装

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conda create -n mokit-py37 python=3.7 # 3.8, 3.9 are also available
conda activate mokit-py37
conda install mokit -c mokit

可能会报错

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Solving environment: failed

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

额外使用一句

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conda config --append channels conda-forge
conda install mokit -c mokit

GAMESS编译

  1. 下载gamess的安装包，解压到安装目录文件下

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    tar -zxvf gamess-current.tar.gz

  2. 不要忘记source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64这一步

  3. 进入gamess目录，执行./config，开始进行配置：

    1. enter
    2. 输入机器类型：linux64
    3. 设置安装目录，可选默认路径直接回车，也可自己定义路径
    4. enter
    5. 版本号，可以自己设定，默认为00，则编译完成后会生成gamess.00.x可执行文件。（注意该步骤，mokit中的可执行文件使用的是gamess.01.x，所以最好此步包括后面的./lked gamess 00都用01。）
    6. 选择fortran编译器，此处填ifort
    7. 编译器版本号，此处填18
    8. enter
    9. 选择数学库版本，此处填mkl
    10. 填写MKL库路径，软件会自动识别目录，如果正确，可以直接复制。
    11. proceed
    12. enter
    13. enter
    14. 一般做节点内并行，选sockets即可
    15. no
    16. 后面还有一些yes no，不太清楚……

  4. 编译DDI，这是GAMESS官方的并行库。

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    cd ddi
    ./compddi
    mv ddikick.x ..

  5. 编译源代码并生成可执行文件

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    cd ..
    ./compall >& compall.log &

    这一步需要极其久的时间，完成后生成gamess.00.x可执行程序

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    ./lked gamess 00

  6. 修改rungms脚本

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    set SCR=/scratch/$USER/gamess  #这是临时文件目录
    set USERSCR=/scratch/$USER/gamess  #同上
    set GMSPATH=/opt/gamess  #GAMESS的安装目录

    向下找到

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    if ($NCPUS > 1) then
          switch (`hostname`)

    在这个switch语句中添加一个case语句：

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    case node01:  #输入节点名字
                if ($NCPUS > 16) set NCPUS=16 #最多使用进程数
                set NNODES=1
                set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
                breaksw

    用户将/opt/gamess这个目录写入环境变量：

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    export PATH=$PATH:/opt/gamess

    测试输入文件，rungms XXX 如果看到最后输出ddikick.x: exited gracefully.，则说明运行成功。

OpenMolcas与QCMaquis 的安装

有用可戳(●ˇ∀ˇ●)