Jing's Notes
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【VMD】常见命令

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VMD中的Tk命令ji

脚本基础

  • 设定变量

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    set <variable> <value>

  • 使用变量

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    set x 10
    puts "the value of x is:$x"

  • 打印

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    puts $<variable>

  • 条件逻辑：

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    if {conditional} {script} elseif {conditional} {script} else {script}

    比如：

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    set a 30
    if {$a <= 30} {puts "$a is seq 30"} else {puts "$a is larger than 30"}

  • 循环：

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    for {initialization} {conditional} {increment} {commands}

    或

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    foreach <variable name> <list> {commands}

    比如：

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    for {set i 0} {$i < 10} {incr i 1} {puts "i is $i"}

    set m {0 1 2 3 4 5}
    foreach i $m {puts "two times m is [expr $i *2]"}

  • 调用脚本，在tk窗口中：

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    source <script file>

axes

image-20211120181556786

  • locations：列出位置的列表

  • location：获取当前的位置

  • location <Position>：设置轴的位置，比如：off、origin 、 lowerleft、 lowerright、upperleft、upperright：

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    axes location Off

color

image-20211120181437883

  • <Category> <Name> <color>：更改类别和名字指定的对象：

    • category包含（具体Categories、Names和Colors可在VMD界面的Graphics→Colors中查看）：

      • Display：背景颜色
      • Axes：轴相关
      • Name：原子名称
      • ……

    • 例子：

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      #改变背景颜色
      color Display Background white

      #改变某个元素颜色
      color Name C silver

  • ……

display

  • depthcue <on|off>: 景深效果，前面的物体比后面的更亮，默认开启，关闭用：

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    display depthcue off

  • projection <mode>：投影模式mode有：

    • perspective：透视的，默认
    • orthographic：
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    display projection Orthographic

  • rendermode <mode>：渲染模式，使用各种 OpenGL 扩展来实现 alpha 混合透明度，或可编程着色以获得更高质量的分子图形。默认渲染模式不会启用这些功能。

    • Normal：
    • AlphaBlend：
    • GLSL：
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    display rendermode GLSL

mol

在VMD中加载、修改或删除一个分子。

  • <molecule_number>：选择是哪个分子，
    • 可以是all、 top、active、 inactive、 displayed、 on、off、fixed、free
    • 也可以是他们的id，是从0开始的，而且即使删除后，也不会重复使用。比如三个分子为0，1，2，删掉0，再载入一个分子，这个分子的id是3，但是它的index仍然是2。

  • new [filename] [options]和addfile <filename> [options]：

    • mol new是用来从文件中新建一个分子。filename是可选的，如果是空的，创建一个空白的没有原子的画布，用户可以在其上自定义几何等。
    • mol addfile与mol new类似，但是结构和坐标数据加载到top的分子中而不是创建一个新的分子。
    • 可选的option有：
      • type <type>：定义文件的类型（pdf，pdb等），否则根据文件扩展名来决定文件类型。
      • ……

  • list：为每个分子打印一行状态摘要。

  • list <molecule_number>：打印与molecule_number匹配的每个分子的单行状态摘要。如果只有一个分子与molecule_number匹配，也打印该分子的详细表示状态。
  • color <coloring_method>：更改默认的原子着色方法设置。
  • representation <rep_style>：更改默认呈现方法设置。
  • selection select_method：更改默认的原子选择设置

Molecule部分

image-20211120181853394

分子的一些状态，对应于VMD main窗口中的一些标记（黑色为打开状态）：

  • delete <molecule_number>：删除分子。
  • fix/free <molecule_number>：固定或者不固定这个分子，对应于”F“标记。
  • on/off <molecule_number>：显示或者隐藏这个分子，对应于”D“标记
  • active/inactive <molecule_number>：激活或者不激活这个分子，对应于”A“
  • top <molecule_number>：置顶这个分子，对应于”T“
  • rename <molecule_number> XX：重命名指定的分子。

image-20211120181329843

Representation部分

image-20211120185644801

  • addrep <molecule_number>：使用当前默认设置（比如原子选择、着色和渲染方法），为指定的分子添加新的表示。

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    mol addrep top

  • delrep <rep_number> <molecule_number>：从指定的分子中删除给定的rep。

  • modrep <rep_number> <molecule_number>：将给定分子的给定rep的方法设置为默认设置。

  • modselect <rep_number> <molecule_number> <select_method>：更改指定分子、指定的Rep所包含的部分。select_method可以是（更多可以查看Graphics→Representations→Selections）

    • all、none……
    • 逻辑and、or、not
    • Name、Type、Element……
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    mol modselect 1 0 all not index 72 73 74 

    mol modselect 1 top name U74 Ce75 C73

图形相关设置：

  • modstyle <rep_number> <molecule_number> <rep_style>：为指定的分子、指定的Rep指定表示方式。

    • rep_style可以是Line，CPK等（更多可以查看Graphics→Representations→Draw style→Drawing Method），后面还可以跟相应的设置。
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    mol modstyle 1 0 Lines 3.000000

    mol modstyle 0 top CPK 0.800000 0.300000 22.000000 22.000000

    mol modstyle 1 top Isosurface 0.05

  • modcolor <rep_number> <molecule_number> <coloring_method>：修改给定分子的给定rep的着色方法。

    • coloring_method可以是Name、Element等。（更多可以查看Graphics→Representations→Draw style→Cokoring Method）
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    mol modcolor 1 top ColorID 1

  • modmaterial <rep_number> <molecule_number> <material_name>：修改给定分子的给定rep的材料

    • material_name可以是Glossy、EdgyGlass等。（更多可以查看Graphics→Representations→Draw style→Material）
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    mol modmaterial 1 top EdgyGlass

molinfo

获取有关分子(或已加载文件)的信息，包括已加载原子的数量、文件名、图形选择和查看矩阵。

  • list：返回所有当前分子id的列表。
  • num：返回加载分子的数量。

  • top：返回顶部分子的id

  • index n：返回第 n 个分子的 id

  • <molecule_id> get <keywords> ：获取关于给定分子某个信息

  • <molecule_id> set <keywords> {list of values}：修改关于给定分子的某个信息。keyword有

    • center_matrix：中心矩阵
    • rotate_matrix：旋转矩阵
    • scale_matrix：缩放矩阵

例如：

  • 将新加载的分子改成与之前相同的朝向

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    set viewpoint [molinfo top get {center_matrix rotate_matrix scale_matrix}]

    if [info exists viewpoint] {
    molinfo top set {center_matrix rotate_matrix scale_matrix} $viewpoint
    }

render

  • list：列出可用的渲染方法

  • <method> filename：使用method渲染为filename，method可以是：

    • ART
    • Tachyon
    • TachyonInternal
    • snapshot
    • POV3
    • PostScript
    • Radiance
    • Raster3D
    • Rayshade
    • Renderman
    • STL
    • VRML-1
    • VRML-2

  • <method> filename command：渲染完成后，执行其他命令。command中的%s都会被文件名替换。比如：

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    #render Tachyon $iorb.dat "tachyon_WIN32.exe ${iorb}.dat -format BMP -o ${iorb}.bmp -trans_raster3d -res 2000 1500 -numthreads 4 -aasamples 24 -mediumshade "

    render Tachyon $iorb.dat "tachyon_WIN32.exe ${iorb}.dat -format BMP -o ${iorb}.bmp  -aasamples 12"

  • options <method>：获取指定method的默认命令

  • options <method> command：为method设置新的默认命令
  • default <method>：获取method最初的默认命令

Tachyon

在windows命令行中使用方法为：

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tachyon_WIN32.exe XXXX.dat -format BMP -o XXXX.bmp -trans_raster3d -res 2000 1500 -fullshade -numthreads 4 -aasamples 24 -shadow_filter_off
  • 透明着色选项：-trans_raster3d（实测效果比其它选项更好）
  • -res：渲染出的图像像素为2000*1500（通常来说已经足够大了）。
  • -fullshade代表渲染时考虑阴影效果，还可以用-mediumshade等。
  • -numthreads设定渲染时的线程数（建议设为CPU的实际物理核心数）。
  • -aasamples是抗锯齿设定，数值越大抗锯齿效果越好。
  • -shadow_filter_off：绘制出的图也有阴影效果，但透明的材质的物体，即轨道等值面，不会产生阴影。
有用可戳(●ˇ∀ˇ●)