主要结构

System，Task和Engine是必须的，其他比如Properties是可选的

$AMSBIN/ams -n 8 << eor 1>${0/run/out} 2>${0/run/err}

System
	Atoms
		F         0.000000    0.000000    0.760010
		F         0.000000    0.000000   -0.760010
End
charge 0 
End

Task GeometryOptimization

Engine ADF
	TITLE UueFn
	basis
		type TZ2P
		core None
		CreateOutput Yes
	end
	xc
		gga PBE 
	end
	relativity
		level spin-orbit
		formalism ZORA
	end
EndEngine

System

单位默认都是 Angstrom，如果需要更改，可以在将header部分更改为[Bohr]

System header
   Atoms header
      ...
   End
   Lattice header
      ...
   End
   FractionalCoords Yes/No
   AllowCloseAtoms Yes/No
   GeometryFile string
   Symmetrize Yes/No
   LatticeStrain float_list
   SuperCell integer_list
   Charge float
   BondOrders
      ...
   End
   ...
End

Atoms：指定原子类型和坐标
- 如果需要给坐标分区，可以在每个原子坐标最后面添加region=name1，region=name2……，一个原子可以在多个区域中，此时命名用,分隔region=name1，name2
- 可以更改原子的质量成为同位素(in Dalton) ，在每个原子坐标最后面添加mass=number即可
Lattice：指定最多三个晶格向量
FractionalCoords：原子块中的原子坐标是否以晶格向量的分数坐标给出，默认为No。
GeometryFile：从.xyz文件中读取几何
Symmetrize：是否使输入结构对称，这也会将结构旋转转换为标准方向。默认为No。
Charge：指定非周期体系的电荷，默认为0.0
BondOrders：指定原子和原子之间的键级，一般不需要。

除了通过System指定系统，还可以用Load System读取.rkf文件中的之前的系统：

LoadSystem header
   File string
   Section string
End

Section：默认是Molecule

指定均匀电场或多极电荷

均匀电场

System
   ElectrostaticEmbedding
      ElectricField ex ey ez
   End
End

点电荷和多极电荷：

System
   ElectrostaticEmbedding
      MultipolePotential
         ChargeModel Point
         Coordinates
            x y z   q   py pz px
            x y z   q   py pz px
            ...
         End
      End
   End
End

ChargeModel：多极子可以由一个点（在其位置具有奇异势能）或球形高斯分布`Gaussian来表示。默认是Point。
ChargeWidth：默认是-1.0a.u.。高斯电荷模型的宽度。
Coordinates：格式为x y z q或者x y z q µx µy µz。x、y、z 是以 Å 为单位的坐标，q 是电荷（以电荷的原子单位表示），μx、μy、μz 是（可选）偶极矩分量（以原子单位表示，即 e*Bohr）。

Task

Task的可选参数有：

1	Task [SinglePoint \| GeometryOptimization \| TransitionStateSearch \| IRC \| PESScan \| NEB \| VibrationalAnalysis \| MolecularDynamics \| GCMC]

Properties

Properties
   BondOrders Yes/No
   Charges Yes/No
   DipoleGradients Yes/No
   DipoleMoment Yes/No
   ElasticTensor Yes/No
   Gradients Yes/No
   Hessian Yes/No
   Molecules Yes/No
   NormalModes Yes/No
   Other Yes/No
   PESPointCharacter Yes/No
   Phonons Yes/No
   Polarizability Yes/No
   Raman Yes/No
   SelectedRegionForHessian string
   StressTensor Yes/No
   VCD Yes/No
   VROA Yes/No
End

Jing's Notes

【AMS】01.基本输入结构

主要结构

System

指定均匀电场或多极电荷

Task

Properties