Jing's Notes

background背景

设置背景颜色或者图像。用法：

• background [RGB-color]：设置窗口的背景颜色。

• background IMAGE "filename"：将窗口的背景设置为指定的图像文件，该文件可以是BMP、JPG、PNG或GIF格式。图像被拉伸以适应窗口的大小。

• background LABELS [color-none-CPK]：设置使用“label”命令显示的原子标签的背景颜色。是全局操作，而不是对选定的原子。

• [RGB-color]：
  • 颜色的名字：white、black……
  • RGB颜色值：[255, 0, 255]，{255,0,255}，{0.5, 0.5, 1}
  • 十六进制颜色码：[xFF00FF]
• [color-none-CPK]：包含[RGB-color]和none

boundbox边界框

边界框设置，与boundingbox含义相同。

• show BOUNDBOX：中心是模型的几何中心而不是旋转中心（即平均原子位置）。输出格式为：

  boundbox: (centerX, centerY, centerZ) (vectorX, vectorY, vectorZ)

  • 比如边框的长就是2vectorX

• 显示边界框：

  boundbox [atom-expression] [line-width-or-type]

  • [atom-expression]见原子表达。默认是*

  • [line-width-or-type]：ON/OFF/DOTTED（默认是ON，即实线）或整数(1-19)或者小数(<2.0)（后两者似乎与实线的粗细有关）

• 通过中心和向量设定一个边界框：

  boundbox [atom-expression-or-coordinate] [xyz-coordinate] [line-width-or-type]{default: unchanged}

• 通过两个角设定一个边界框：

  boundbox CORNERS [atom-expression-or-coordinate] [atom-expression-or-coordinate] [line-width-or-type]{default: unchanged}

• getProperty boundBoxInfo：获取边界框的信息

Draw绘图

rotate

默认为以逆时针方式绕 y（垂直）轴每秒旋转 10 度，即：

rotate spin y 10

选项：

• axis：axis可以是x， y， z，-x， -y，-z，绕六个标准轴中的一个旋转。隐含的轴是窗口的轴，而不是分子的轴。如果需要按分子的轴，则需要MOLECULAR关键词。

• axis number：绕着某个轴旋转多少度，可以是负的，如果在前面加上spin，表示每秒旋转多少度。

• axis num1 num2：围绕某个轴以num2的速度旋转num1度。

• {atom expression or point} {atom expression or point} number：围绕两个点形成的轴旋转多少度。可以是点，也可以是原子。

  #rotate x 10 等同于
  rotate {0 0 0} {1 0 0} 10
  spin {atomno=1} {atomno=2}

• INTERNAL等同于MOLECULAR，根据分子的轴旋转。

• spin：根据给定的速度自旋。

color

默认的颜色标准：http://jmol.sourceforge.net/jscolors/#JavaScript%20colors

可以通过select选中后，再指定颜色 select \*.N?; color green；也可以通过color {*.N?} green，通常的语法为：

color [object] [translucent/opaque] [color, property, or color scheme]

• [object] ：可以是atoms, bonds, backbone, cartoon, stars, rockets, ribbon, dots, label, echo, hbonds, ssbonds, axes, boundbox, measures, polyhedra, isosurface, pmesh, unitcell。

透明

color atoms TRANSLUCENT

color bonds TRANSLUCENT 1

select

• select：默认选中所有原子，=select all=select *
• select none：选中0个原子=select 0
• select [atom-expression]：基于[atom-expression]选择原子
• select add/remove [atom-expression] ：将指定的原子添加/移除到选定的集合中。

例子：

#选择C元素
select _C
#选择第一个U元素
select (_U)[1]
#选择所有原子中第一个原子
select (*)[1]
#选择所有原子中第1-6个原子
select (*)[1][6]

#选择所有原子中第1，6个原子
select (*)[1],(*)[6]

select ({0 5})
select ({0 70:74})

#选择1-8，65-75原子
select (*)[1][8], (*)[65][75]

#选择所有成键的原子
select bonded
#选择所有连接的原子
select connected
#选择已经选择的原子
select selected
#选择第1，3，5个原子
x = [1,3,5]; select atomno=x
#选择第34、35个原子
select @34, @35
#选择元素序号10~110之间的原子
select {elemno>=10 and elemno<=110}

label

• 原子的标记参见[atom properties]。

相关设置

• set fontScaling OFF：当fontScaling设置为ON时，在此之后创建的任何标签都会在模型缩放时进行缩放。

• set fontSize [font-size]：为当前选定的原子设置原子标签的字体大小。

• set labelOffset [x-offset] [y-offset] [atom-expression]：设置相对于被标记原子的标签偏移量。正数表示原子中心和标签开头之间的像素数。负数表示原子中心和标签末端之间的像素数，整个标签在原子的左侧。任一方向的零表示以该方向为中心。
• set labelAlignment position：position可以是LEFT, RIGHT,或CENTER。将多行标签内的标签文本对齐方式设置为左对齐、右对齐或居中对齐。
• 设置颜色：注意无法和背景颜色设置相同颜色。

font

语法：

font [object-with-text] [font-size] [font-face] [font-style] [scaling factor]

• [object-with-text]有：axes、ECHO、HOVER、LABEL、measure
• [font-size]：6-63之间的整数
• [font-face]字体默认是SansSerif，还有SERIF、monospaced
• [font-style]默认是Plain，还有BOLD，italic和BOLDitalic

Spacefill或CPK

将选定的原子渲染为阴影球体。

• spacefill on/OFF：打开或关闭，默认是ON。
• spacefill ONLY：关闭其他的渲染，包括标签
• spacefill 数字：以埃为单位的特定半径的球体。负数=ONLY。

键相关

wireframe

• wireframe ON/OFF：打开或关闭，默认是ON。
• wireframe ONLY：关闭其他的渲染，包括标签。
• wireframe [radius-in-angstroms]：以Å为单位显示给定圆柱体直径的线框，要用小数。负数=ONLY。

bondorder

• bondorder number：数字可以是0.5，1，1.5，2，2.5，3，4， -1，-1.5，-2.5（负数依次是氢键、PARTIALDOUBLE (reverse solid/dash of AROMATIC)，PARTIALTRIPLE2）

connect

connect本身删除所有键，然后创建键基于 Jmol 默认键生成算法，全部为单键，不考虑模型文件中可能指示的键合模式。语法：

connect [minimum and maximum distances] [source and target atom sets] [bond type] [radius option] [color option] [modify/create option]

• [minimum and maximum distances]：距离以埃为单位，以小数或整数形式给出。如果仅给出一个距离参数，则表示最大距离。如果既没有给出最小距离参数也没有给出最大距离参数，那么两个原子集之间的所有连接都会被建立。可以在距离后使用 % 符号指定基于键合/离子半径百分比范围而不是固定值连接原子的选项。
• [source and target atom sets]：表示目标的原子集合。如果没有给出，就选择当前选定的原子。

• [bond type]：可以是SINGLE、DOUBLE、TRIPLE、QUADRUPLE、QUINTUPLE、SEXTUPLE、AROMATIC、PARTIAL、PARTIALDOUBLE、HBOND、STRUT 或 UNSPECIFIED。

  • 在外观上，AROMATIC 和 PARTIALDOUBLE 是相同的，只是键的哪一侧用虚线表示。
  • PARTIAL 和 HBOND 都是虚线，但它们的模式不同，新产生的氢键只是细线。
  • 其他键类型包括 ATROPISOMER（两个旋转受限的芳环之间的单键）、AROMATICSINGLE、AROMATICDOUBLE、部分数字键顺序（见bondorder）

• partial的语法：connect ... partial N.M，N代表几条线，M为：

M	binary	meaning
1	00001	first line dashed
2	00010	second line dashed
3	00011	first and second lines dashed
4	00100	third line dashed
…	…	…
31	11111	all lines dashed

例子：

partial 1.0	#single
partial 1.1	#same as "partial"
partial 2.0	#double
partial 2.1	#same appearance as "aromatic", though not "aromatic"
partial 2.2	#partialDouble
partial 3.0	#triple
partial 3.1	#partialTriple
partial 3.4	#parialTriple2

• [radius option]：在radius后跟以Å为单位的数字设定宽度。
• [color option]：在color后跟translucent或opaque设定透明度、颜色等。
• [modify/create option]：
  • Create：只会创建新的键，如果已经存在不会受到影响。
  • Modify：修改已经存在的键，不会创造新的键。
  • ModifyOrCreate：符合则会连接。
  • Delete：删除符合的连接。

measure

设置标签和线等

• set measurementUnits (distance unit)：设置测量单位，(distance unit)可以是ANGSTROMS、AU（或 BOHR）、NM（或 NANOMETERS）、（PM 或 PICOMETERS）、VDW、HZ 和 NOE_HZ 之一。

  set measurements angstroms
  set measurements nm
  set measurements pm

• set measurementLabels ON：设置为FALSE时仅关闭测量标签，保留线条。

• set showMeasurements TRUE：设置为FALSE时，测量线和标签都关闭。

• set measurements DOTTED：设置测量线为虚线。

• set measurements [linewidth-pixels]：设置线宽

• set justifyMeasurements FALSE：将此参数设为 TRUE 可右对齐测量标签

• set measurements 数字：数字带小数时，是以Å为单位；整数时是以像素为单位。

• set defaultDistanceLabel "format"、set defaultAngleLabel "format"、set defaultTorsionLabel "format"：分别设置标签的默认格式

• 设置字体

measure的语法：

measure RANGE <minValue> <maxValue> ALL|ALLCONNECTED|DELETE (<atom expression>) (<atom expression>) ...

• measure ON/OFF：打开和关闭距离、角度、二面角测量标签和测量线。

• measure DELETE：删除所有测量3

• measure "n:labelFormat"：测量对象及其单位

  • n:为2、3、或4，代表键长、键角、二面角。

  • n:和labelFormat之间可以放[atom properties]原子属性来表示

  • label format默认为"%VALUE %UNITS"，%VALUE可以表示小数位数；//unit，代表测量单位等。//A就是Å，还有//nm，//pm等

例子：

measure RANGE 1.5 2.5 ALL (_C) (_U) "2://pm"

measure 1.4 1.5 all (_C)[65][72]  (_C)[65][72]  "2:%a1-%a2 %0.3VALUE //A"

mo

可以将fchk文件通过Multiwfn转化成molden文件再进行绘图

100
2
6

• mo ON/OFF：开启或关闭分子轨道，默认是ON

• mo (integer)：显示指定的分子轨道，序号从1开始。

  • 注意：Jmol中的轨道是按能量排序的，因此可能和一些fchk文件中的轨道不一致，比如NLMO。可以通过将原始的轨道能量作为标签，保留三位小数，通过MO list去查找相应的序号。

• mo COLOR [RGB-color] [RGB-color]：第一个颜色为等值面负的颜色，第二个为正等值面的颜色

  • mo COLOR [RGB-color]：将等值面设置成某个颜色

  mo color yellow purple;
  mo color [xFF00FF] [xFFFF00];

• mo CUTOFF (decimal)：设置等值面的值。默认是0.05。

• mo RESOLUTION (decimal)：等值面的精度，一般范围是4-10。分辨率越高，等值面越光滑，但是生成速度更慢。

• mo next或mo previous（或者mo prev）：显示下一个或者上一个分子轨道

mo translucent 1

显示效果

• mo mesh nofill：除了网格，并且填充。默认是mo mesh nofill
• mo fill nomesh：可以去掉网格线
• mo translucent：将等值面设置为透明的，后面可以跟0-1的小数设置透明度。
• mo nofill nomesh dots：设置为点填充。
  • mo fill nodots：取消点填充。
• mo fill：
• mo opaque：

用透明的时候等值面互相之间无法透明，只是透视了分子，可以用：

isosurface molpos color [X7BC8A4] cutoff +0.03 mo 20 translucent
isosurface molneg color white cutoff -0.03 mo 20 translucent

标题

默认生成的分子轨道左上角有标题，标题的格式可以通过mo TITLEFORMAT "format"控制

• %E或者%0.dE：能量，可以控制小数位数
• %F：文件名字
• %I：轨道序号
• %M：模型序号
• %N：轨道总数
• %O：占据数
• %S：对称性
• %U：能量单位
• |：换行
• ?：(在行开头)表示如果文件中没有该行的数据，则忽略该行

默认的格式是

mo TITLEFORMAT "%F | Model %M MO %I/%N | Energy = %E %U | ?Symmetry = %S | ?Occupancy = %O"

• 如果想关闭可以使用mo TITLEFORMAT ""

set (lighting)

• set zShade OFF：是否启用“雾”或“淡入淡出”效果。根据与观察者的距离对对象进行着色，使远处的对象淡入背景中。
  • 使用 SLAB 和 DEPTH 设置的值分别确定无效果点和完全效果点（默认为 100 和 0）。当 ZSLAB 不等于 ZDEPTH 时（默认均为0），SLAB 和 DEPTH 的设置被 ZSLAB 和 ZDEPTH 覆盖。
  • set zDepth (integer)和set zSlab (integer)：zDepth是完全透明的点，zSlab是完全不透明的店。
  • set zShadePower (integer)：当zShade设置为 ON时，可以调整此参数（通常为 1、2 或 3）以创建更强的雾效果。如果将此值设置为 0，会显示黑白阴影遮罩。

set (perspective) 透视

• set cameraDepth (positive number)：设置透视量。默认设置为 3.0。数字越大，透视的影响就越小。
• set perspectiveDepth ON：关闭此参数将关闭透视深度。

缩放相关：

• set zoomEnabled TRUE：当设置为 FALSE 时，禁用缩放。
• set zoomHeight FALSE：当此设置为 TRUE 时，Jmol 仅在更改高度时调整缩放。设置 zoomHeight TRUE 会禁用zoomLarge。
• set zoomLarge TRUE：当为 TRUE时，Jmol 根据窗口大小调整缩放。

write

• 保存为png格式，语法为：

  write IMAGE width height PNG n "fileName"

  • width 和 height 是可选的，默认为当前帧大小。
  • 压缩量n 是一个介于 0 和 10 之间的数字（默认为 2）。
  • 如果 set imageState TRUE（默认设置），则 Jmol 将其状态附加到 PNG 文件，从而允许使用单个图像文件作为 2D 图像查看和使用脚本命令或通过拖动以 3D Jmol 状态读取并加入 Jmol 应用程序。

• 保存为png格式，背景是透明的，语法为：

  write IMAGE width height PNGT n "fileName"

  • 最好使用不太寻常的颜色作为背景颜色，比如[x101010]，确保只有背景是透明的。
  • 最好设置set antialiasImages FALSE，以避免图像周围出现参差不齐的边缘。
  • width 和 height 是可选的，默认为当前帧大小。
  • 压缩量n 是一个介于 0 和 10 之间的数字（默认为 2）。
  • 例子：WRITE PNGT xxxx.png

• 保存为pov进一步渲染

  write POVRAY D:/desktop/mo/10-.pov

  • 生成的ini文件可以直接一起拖入到pov-ray中批量渲染

[atom-expression]原子表达

相关的表达都可以用关键字NOT开头，由and、OR或XOR连接，由{}包围。还可以用比较符号 <，<=，=，>，>=，!=和LIKE 等关键词，!=和=不区分大小写，如果需要，用LIKE。

一般表达

• all：所有原子，=*
• bonded：共价键合的
• connected：以任何方式成键，包括氢键
• none：无原子
• selected：已选定的原子，当文件首次加载是，默认为all

化学元素

• 元素的英文名，如carbon
• _元素符号：如_Cu；还可以在符号前面加上数字表示同位素，_31P
• nonmetal：非金属元素=!metal，即H，He，B，C，N，O，F，Ne，Si，P，S，Cl，Ar，As，Se，Br，Kr，Te，I，Xe，At，Rn
• metal：金属元素，=!nonmetal
• alkaliMetal：碱金属，Li，Na，K，Rb，Sr，Fr
• alkalineEarth：碱土金属，Be，Mg，Ca，Sr，Ba，Ra
• nobleGas：稀有气体，He，Ne，Ar，Kr，Xe，Rn
• metalloid：准金属，B，Si，Ge，As，Sb，Te
• transitionmetal：过渡金属，包括La和Ac。
• lanthanide：镧系元素，不包括La
• actinide：锕系元素，不包括Ac

其他

• isaromatic：与芳香族、芳香族单键或芳香族双键类型相连的原子

选择原子

• (carbon)[3][5]：选择第三到第五个碳原子
• (carbon)[3]：选择第三个C原子，[0]表示最后一个原子，负数表示从最后一个原子（0）开始基数。

如果需要嵌入到其他表达式中，还需要在外面加{}，比如measure {(_O)[1]} {(_O)[2]}

#z
select ({4 7 8 12:16 25:29 32 35:40 43:84})

[atom properties]原子属性

https://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/index.htm?ver=14.31#atomproperties

property	select xxx=y	label %[xxx]	label %x	print {*}.xxx	{*}.xxx = y
atomName	√	√	%a	√	√
atomno	√	√	%i	√	√
atomType	√	√	%B	√	√
element			%e

getProperty

查看分子的长宽高

显示中勾选边界框，在控制台中输入

getProperty boundBoxInfo

设置边界框的坐标

boundbox {0 0 0}{2,3,3}