`background`背景

设置背景颜色或者图像。用法：

background [RGB-color]：设置窗口的背景颜色。
background IMAGE "filename"：将窗口的背景设置为指定的图像文件，该文件可以是BMP、JPG、PNG或GIF格式。图像被拉伸以适应窗口的大小。
background LABELS [color-none-CPK]：设置使用“label”命令显示的原子标签的背景颜色。是全局操作，而不是对选定的原子。

[RGB-color]：

颜色的名字：white、black……

RGB颜色值：[255, 0, 255]，{255,0,255}，{0.5, 0.5, 1}

十六进制颜色码：[xFF00FF]

[color-none-CPK]：包含[RGB-color]和none

`boundbox`边界框

边界框设置，与boundingbox含义相同。

show BOUNDBOX：中心是模型的几何中心而不是旋转中心（即平均原子位置）。输出格式为：
1
boundbox: (centerX, centerY, centerZ) (vectorX, vectorY, vectorZ)
- 比如边框的长就是2vectorX
显示边界框：
1
boundbox [atom-expression] [line-width-or-type]
- [atom-expression]见原子表达。默认是*
- [line-width-or-type]：ON/OFF/DOTTED（默认是ON，即实线）或整数(1-19)或者小数(<2.0)（后两者似乎与实线的粗细有关）

通过中心和向量设定一个边界框：

1	boundbox [atom-expression-or-coordinate] [xyz-coordinate] [line-width-or-type]{default: unchanged}

通过两个角设定一个边界框：

1	boundbox CORNERS [atom-expression-or-coordinate] [atom-expression-or-coordinate] [line-width-or-type]{default: unchanged}

getProperty boundBoxInfo：获取边界框的信息

`Draw`绘图

rotate

默认为以逆时针方式绕 y（垂直）轴每秒旋转 10 度，即：

1	rotate spin y 10

选项：

axis：axis可以是x， y， z，-x， -y，-z，绕六个标准轴中的一个旋转。隐含的轴是窗口的轴，而不是分子的轴。如果需要按分子的轴，则需要MOLECULAR关键词。
axis number：绕着某个轴旋转多少度，可以是负的，如果在前面加上spin，表示每秒旋转多少度。
axis num1 num2：围绕某个轴以num2的速度旋转num1度。
{atom expression or point} {atom expression or point} number：围绕两个点形成的轴旋转多少度。可以是点，也可以是原子。
1
2
3
#rotate x 10 等同于
rotate {0 0 0} {1 0 0} 10
spin {atomno=1} {atomno=2}
INTERNAL等同于MOLECULAR，根据分子的轴旋转。
spin：根据给定的速度自旋。

color

默认的颜色标准：http://jmol.sourceforge.net/jscolors/#JavaScript%20colors

可以通过select选中后，再指定颜色 select \*.N?; color green；也可以通过color {*.N?} green，通常的语法为：

1	color [object] [translucent/opaque] [color, property, or color scheme]

[object] ：可以是atoms, bonds, backbone, cartoon, stars, rockets, ribbon, dots, label, echo, hbonds, ssbonds, axes, boundbox, measures, polyhedra, isosurface, pmesh, unitcell。

透明

1	color atoms TRANSLUCENT

1	color bonds TRANSLUCENT 1

select

select：默认选中所有原子，=select all=select *
select none：选中0个原子=select 0
select [atom-expression]：基于[atom-expression]选择原子
select add/remove [atom-expression] ：将指定的原子添加/移除到选定的集合中。

例子：

#选择C元素
select _C
#选择第一个U元素
select (_U)[1]
#选择所有原子中第一个原子
select (*)[1]
#选择所有原子中第1-6个原子
select (*)[1][6]

#选择所有原子中第1，6个原子
select (*)[1],(*)[6]

select ({0 5})
select ({0 70:74})

#选择1-8，65-75原子
select (*)[1][8], (*)[65][75]

#选择所有成键的原子
select bonded
#选择所有连接的原子
select connected
#选择已经选择的原子
select selected
#选择第1，3，5个原子
x = [1,3,5]; select atomno=x
#选择第34、35个原子
select @34, @35
#选择元素序号10~110之间的原子
select {elemno>=10 and elemno<=110}

label

原子的标记参见[atom properties]。

font

语法：

1	font [object-with-text] [font-size] [font-face] [font-style] [scaling factor]

[object-with-text]有：axes、ECHO、HOVER、LABEL、measure
[font-size]：6-63之间的整数
[font-face]字体默认是SansSerif，还有SERIF、monospaced
[font-style]默认是Plain，还有BOLD，italic和BOLDitalic

Spacefill或CPK

将选定的原子渲染为阴影球体。

spacefill on/OFF：打开或关闭，默认是ON。
spacefill ONLY：关闭其他的渲染，包括标签
spacefill 数字：以埃为单位的特定半径的球体。负数=ONLY。

键相关

wireframe

wireframe ON/OFF：打开或关闭，默认是ON。
wireframe ONLY：关闭其他的渲染，包括标签。
wireframe [radius-in-angstroms]：以Å为单位显示给定圆柱体直径的线框，要用小数。负数=ONLY。

bondorder

bondorder number：数字可以是0.5，1，1.5，2，2.5，3，4， -1，-1.5，-2.5（负数依次是氢键、PARTIALDOUBLE (reverse solid/dash of AROMATIC)，PARTIALTRIPLE2）

connect

connect本身删除所有键，然后创建键基于 Jmol 默认键生成算法，全部为单键，不考虑模型文件中可能指示的键合模式。语法：

1	connect [minimum and maximum distances] [source and target atom sets] [bond type] [radius option] [color option] [modify/create option]

[minimum and maximum distances]：距离以埃为单位，以小数或整数形式给出。如果仅给出一个距离参数，则表示最大距离。如果既没有给出最小距离参数也没有给出最大距离参数，那么两个原子集之间的所有连接都会被建立。可以在距离后使用 % 符号指定基于键合/离子半径百分比范围而不是固定值连接原子的选项。
[source and target atom sets]：表示目标的原子集合。如果没有给出，就选择当前选定的原子。
[bond type]：可以是SINGLE、DOUBLE、TRIPLE、QUADRUPLE、QUINTUPLE、SEXTUPLE、AROMATIC、PARTIAL、PARTIALDOUBLE、HBOND、STRUT 或 UNSPECIFIED。
- 在外观上，AROMATIC 和 PARTIALDOUBLE 是相同的，只是键的哪一侧用虚线表示。
- PARTIAL 和 HBOND 都是虚线，但它们的模式不同，新产生的氢键只是细线。
- 其他键类型包括 ATROPISOMER（两个旋转受限的芳环之间的单键）、AROMATICSINGLE、AROMATICDOUBLE、部分数字键顺序（见bondorder）
partial的语法：connect ... partial N.M，N代表几条线，M为：

M	binary	meaning
1	00001	first line dashed
2	00010	second line dashed
3	00011	first and second lines dashed
4	00100	third line dashed
…	…	…
31	11111	all lines dashed

例子：

partial 1.0	#single
partial 1.1	#same as "partial"
partial 2.0	#double
partial 2.1	#same appearance as "aromatic", though not "aromatic"
partial 2.2	#partialDouble
partial 3.0	#triple
partial 3.1	#partialTriple
partial 3.4	#parialTriple2

[radius option]：在radius后跟以Å为单位的数字设定宽度。
[color option]：在color后跟translucent或opaque设定透明度、颜色等。
[modify/create option]：
- Create：只会创建新的键，如果已经存在不会受到影响。
- Modify：修改已经存在的键，不会创造新的键。
- ModifyOrCreate：符合则会连接。
- Delete：删除符合的连接。

measure

设置标签和线等

set measurementUnits (distance unit)：设置测量单位，(distance unit)可以是ANGSTROMS、AU（或 BOHR）、NM（或 NANOMETERS）、（PM 或 PICOMETERS）、VDW、HZ 和 NOE_HZ 之一。
1
2
3
set measurements angstroms
set measurements nm
set measurements pm
set measurementLabels ON：设置为FALSE时仅关闭测量标签，保留线条。
set showMeasurements TRUE：设置为FALSE时，测量线和标签都关闭。
set measurements DOTTED：设置测量线为虚线。
set measurements [linewidth-pixels]：设置线宽
set justifyMeasurements FALSE：将此参数设为 TRUE 可右对齐测量标签
set measurements 数字：数字带小数时，是以Å为单位；整数时是以像素为单位。
set defaultDistanceLabel "format"、set defaultAngleLabel "format"、set defaultTorsionLabel "format"：分别设置标签的默认格式
设置字体

measure的语法：

1	measure RANGE <minValue> <maxValue> ALL\|ALLCONNECTED\|DELETE (<atom expression>) (<atom expression>) ...

measure ON/OFF：打开和关闭距离、角度、二面角测量标签和测量线。
measure DELETE：删除所有测量3
measure "n:labelFormat"：测量对象及其单位
- n:为2、3、或4，代表键长、键角、二面角。
- n:和labelFormat之间可以放[atom properties]原子属性来表示
- label format默认为"%VALUE %UNITS"，%VALUE可以表示小数位数；//unit，代表测量单位等。//A就是Å，还有//nm，//pm等

例子：

1	measure RANGE 1.5 2.5 ALL (_C) (_U) "2://pm"

1	measure 1.4 1.5 all (_C)[65][72] (_C)[65][72] "2:%a1-%a2 %0.3VALUE //A"

mo

可以将fchk文件通过Multiwfn转化成molden文件再进行绘图

1
2
3

100
2
6

mo ON/OFF：开启或关闭分子轨道，默认是ON
mo (integer)：显示指定的分子轨道，序号从1开始。
- 注意：Jmol中的轨道是按能量排序的，因此可能和一些fchk文件中的轨道不一致，比如NLMO。可以通过将原始的轨道能量作为标签，保留三位小数，通过MO list去查找相应的序号。
mo COLOR [RGB-color] [RGB-color]：第一个颜色为等值面负的颜色，第二个为正等值面的颜色
- mo COLOR [RGB-color]：将等值面设置成某个颜色
1
2
mo color yellow purple;
mo color [xFF00FF] [xFFFF00];
mo CUTOFF (decimal)：设置等值面的值。默认是0.05。
mo RESOLUTION (decimal)：等值面的精度，一般范围是4-10。分辨率越高，等值面越光滑，但是生成速度更慢。
mo next或mo previous（或者mo prev）：显示下一个或者上一个分子轨道

1	mo translucent 1

显示效果

mo mesh nofill：除了网格，并且填充。默认是mo mesh nofill
mo fill nomesh：可以去掉网格线
mo translucent：将等值面设置为透明的，后面可以跟0-1的小数设置透明度。
mo nofill nomesh dots：设置为点填充。
- mo fill nodots：取消点填充。
mo fill：
mo opaque：

标题

默认生成的分子轨道左上角有标题，标题的格式可以通过mo TITLEFORMAT "format"控制

%E或者%0.dE：能量，可以控制小数位数
%F：文件名字
%I：轨道序号
%M：模型序号
%N：轨道总数
%O：占据数
%S：对称性
%U：能量单位
|：换行
?：(在行开头)表示如果文件中没有该行的数据，则忽略该行

默认的格式是

1	mo TITLEFORMAT "%F \| Model %M MO %I/%N \| Energy = %E %U \| ?Symmetry = %S \| ?Occupancy = %O"

如果想关闭可以使用mo TITLEFORMAT ""

set (lighting)

set zShade OFF：是否启用“雾”或“淡入淡出”效果。根据与观察者的距离对对象进行着色，使远处的对象淡入背景中。
- 使用 SLAB 和 DEPTH 设置的值分别确定无效果点和完全效果点（默认为 100 和 0）。当 ZSLAB 不等于 ZDEPTH 时（默认均为0），SLAB 和 DEPTH 的设置被 ZSLAB 和 ZDEPTH 覆盖。
- set zDepth (integer)和set zSlab (integer)：zDepth是完全透明的点，zSlab是完全不透明的店。
- set zShadePower (integer)：当zShade设置为 ON时，可以调整此参数（通常为 1、2 或 3）以创建更强的雾效果。如果将此值设置为 0，会显示黑白阴影遮罩。

set (perspective) 透视

set cameraDepth (positive number)：设置透视量。默认设置为 3.0。数字越大，透视的影响就越小。
set perspectiveDepth ON：关闭此参数将关闭透视深度。

缩放相关：

set zoomEnabled TRUE：当设置为 FALSE 时，禁用缩放。
set zoomHeight FALSE：当此设置为 TRUE 时，Jmol 仅在更改高度时调整缩放。设置 zoomHeight TRUE 会禁用zoomLarge。
set zoomLarge TRUE：当为 TRUE时，Jmol 根据窗口大小调整缩放。

write

保存为png格式，语法为：
1
write IMAGE width height PNG n "fileName"
- width 和 height 是可选的，默认为当前帧大小。
- 压缩量n 是一个介于 0 和 10 之间的数字（默认为 2）。
- 如果 set imageState TRUE（默认设置），则 Jmol 将其状态附加到 PNG 文件，从而允许使用单个图像文件作为 2D 图像查看和使用脚本命令或通过拖动以 3D Jmol 状态读取并加入 Jmol 应用程序。
保存为png格式，背景是透明的，语法为：
1
write IMAGE width height PNGT n "fileName"
- 最好使用不太寻常的颜色作为背景颜色，比如[x101010]，确保只有背景是透明的。
- 最好设置set antialiasImages FALSE，以避免图像周围出现参差不齐的边缘。
- width 和 height 是可选的，默认为当前帧大小。
- 压缩量n 是一个介于 0 和 10 之间的数字（默认为 2）。
- 例子：WRITE PNGT xxxx.png
保存为pov进一步渲染
1
write POVRAY D:/desktop/mo/10-.pov
- 生成的ini文件可以直接一起拖入到pov-ray中批量渲染

[atom-expression]原子表达

相关的表达都可以用关键字NOT开头，由and、OR或XOR连接，由{}包围。还可以用比较符号 <，<=，=，>，>=，!=和LIKE 等关键词，!=和=不区分大小写，如果需要，用LIKE。

一般表达

all：所有原子，=*
bonded：共价键合的
connected：以任何方式成键，包括氢键
none：无原子
selected：已选定的原子，当文件首次加载是，默认为all

化学元素

元素的英文名，如carbon
_元素符号：如_Cu；还可以在符号前面加上数字表示同位素，_31P
nonmetal：非金属元素=!metal，即H，He，B，C，N，O，F，Ne，Si，P，S，Cl，Ar，As，Se，Br，Kr，Te，I，Xe，At，Rn
metal：金属元素，=!nonmetal
alkaliMetal：碱金属，Li，Na，K，Rb，Sr，Fr
alkalineEarth：碱土金属，Be，Mg，Ca，Sr，Ba，Ra
nobleGas：稀有气体，He，Ne，Ar，Kr，Xe，Rn
metalloid：准金属，B，Si，Ge，As，Sb，Te
transitionmetal：过渡金属，包括La和Ac。
lanthanide：镧系元素，不包括La
actinide：锕系元素，不包括Ac

其他

isaromatic：与芳香族、芳香族单键或芳香族双键类型相连的原子

选择原子

(carbon)[3][5]：选择第三到第五个碳原子
(carbon)[3]：选择第三个C原子，[0]表示最后一个原子，负数表示从最后一个原子（0）开始基数。

如果需要嵌入到其他表达式中，还需要在外面加{}，比如measure {(_O)[1]} {(_O)[2]}

1 2	#z select ({4 7 8 12:16 25:29 32 35:40 43:84})

[atom properties]原子属性

https://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/index.htm?ver=14.31#atomproperties

property	select xxx=y	label %[xxx]	label %x	*print {}.xxx**	*{}.xxx = y**
atomName	√	√	%a	√	√
atomno	√	√	%i	√	√
atomType	√	√	%B	√	√
element			%e

getProperty

查看分子的长宽高

显示中勾选边界框，在控制台中输入

1	getProperty boundBoxInfo

设置边界框的坐标

1	boundbox {0 0 0}{2,3,3}

Jing's Notes

`background`背景

`boundbox`边界框

`Draw`绘图

rotate

color

透明

select

label

相关设置

font

Spacefill或CPK

键相关

wireframe

bondorder

connect

measure

设置标签和线等

mo

显示效果

标题

set (lighting)

set (perspective) 透视

write

[atom-expression]原子表达

一般表达

化学元素

其他

选择原子

[atom properties]原子属性

getProperty

background背景

boundbox边界框

Draw绘图

rotate

color

透明

select

label

相关设置

font

Spacefill或CPK

键相关

wireframe

bondorder

connect

measure

设置标签和线等

mo

显示效果

标题

set (lighting)

set (perspective) 透视

write

[atom-expression]原子表达

一般表达

化学元素

其他

选择原子

[atom properties]原子属性

getProperty

`background`背景

`boundbox`边界框

`Draw`绘图