代码位置

使用步骤

对于PIO3

Gaussian计算部分

在高斯关键词部分加入pop=nbo6read

在高斯输入文件的最后一行加入：

1	$nbo FILENAME=CH4 AONAO=W33 FNAO=W61 DMNAO=W71 $end

通过formchk将chk转换成fchk，然后

1 2	formchk xx.chk xx.fchk cat 33 61 71 > 49

PIO部分

conda activate
python    /home/zhaoxk/apps/PIO-py3-main/PIO/PIO.py     CH4.fchk


$ Please input the atom ID of two fragments: (e.g. 1-5,8,13 6-7,9-12)
$片段一  片段二（片段之间用空格分开，片段内部用逗号,或连接符-进行分开）

注意：如果计算的是开壳层，需要手动将输出的pio和pimo中的fchk文件中泛函部分的ROXXXX改成UXXXX，这样Multiwfn和Jmol等软件才能有两套轨道。

以下内容主要是基于之前的pio

Gaussian计算部分
在高斯关键词部分加入pop=nbo6read

nboread调用的是高斯自带的NBO3，要用NBO6得到.49，否则格式会有问题。格式修改见博文。
在高斯输入文件的最后一行加入：
1
$NBO AONAO=W49 FNAO=W49 DMNAO=W49 SKIPBO file=XXX  $END
中XXX应与之后生成的 .fchk 文件名一致

PIO_v3可能会报错，需要49文件的名字为大写的
通过formchk将chk转换成fchk
1
formchk xxx.chk xxx.fchk
pio部分
此时应当有 .fchk 文件以及 NBO 生成的 .49 文件
pio命令一般在在/home/scicons/bin下，将其添加至环境变量即可。此时执行
1
pio  ${FILENAME}.fchk {碎片1 的原子序号} {碎片2 的原子序号} 
碎片可以是xx-xx这样的格式
如果报错，看体系是否是开壳层的，如果是开壳层，需要对.49文件进行一点修改
开壳层，通过一下命令检查，会出现SPIN出现的行数，会发现默认顺序是aabb，正确的顺序应该是abab
1
grep -n 'SPIN' XXX.49
在NAO密度矩阵部分只有alpha，结束之后紧跟的是NAO的Fock矩阵，而第一个beta实际上是NAO密度矩阵的部分，将这部分移动到alpha密度矩阵的后面即可。
利用vim命令进行调换即可，调换方法：
1
2
3
4
#先删除第一个beta部分
:129075,154831d
#光标停在第一个alpha最后一行，直接p即可
p

结果分析部分

pio对结果在生成的txt文件中，pio对的轨道在pio.fchk文件中，而PIMOs的记过在pimo.fchk中
pio_v3还有raw文件，pio_v4已经删除
轨道如果通过pio_v4分析得到，用Multiwfn或者Jmol打开转换得到的molden文件，能量都是0，要避免可以用pio_v3

Windows下运行

需要下载python2和anaconda配置python2的运行环境
打开Anaconda的命令行，输入
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conda activate py27
执行命令：
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python PIO.py FILENAME.FChk
输入原子：
1
1-5,8,13 6-7,9-12