Jing's Notes
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【CP2K】05.MD

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Valine： 本文字数： 2.5k 阅读时长 ≈ 2 分钟
主要是&MOTION（&MD模块、&PRINT模块）

输入文件例子

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&GLOBAL
  PROJECT ar108		#修改任务名字
  RUN_TYPE md		#修改任务类型
&END GLOBAL

&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE NVE          
    STEPS 100            
    TIMESTEP 5.           
    TEMPERATURE 85.0     
  &END MD
&END MOTION

&FORCE_EVAL
  METHOD FIST            
  &MM
    &FORCEFIELD
      &CHARGE            
        ATOM Ar          
        CHARGE 0.0      
      &END
      &NONBONDED
        &LENNARD-JONES    
          atoms Ar Ar     
          EPSILON 119.8  
          SIGMA 3.405    
          RCUT 8.4       
        &END LENNARD-JONES
      &END NONBONDED
    &END FORCEFIELD
    &POISSON         
      &EWALD
        EWALD_TYPE none
      &END EWALD
    &END POISSON
  &END MM
  &SUBSYS
    &CELL
      ABC 17.1580 17.158 17.158    
    &END CELL
    &COORD
		@INCLUDE 'coord.inc'
    &END COORD
    &TOPOLOGY
    &END TOPOLOGY
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

&MOTION

&MD

关键词

ENSEMBLE要用于MD传播的集成/积分器

  • NVE：恒能(微正则)
  • NVT：恒定的温度和体积(标准)
  • NPT_I：恒定的温度和压力使用各向同性电池

STEPS要执行的MD步骤数

  • 默认是3

TIMESTEP集成步骤的长度(如果RESPA是大的TIMESTEP)

  • 默认是0.5fs

TEMPERATURE：温度K用于初始化速度与init和pos重启，以及在NPT/NVT模拟

  • 默认是300K

&THERMOSTAT

指定恒温器类型和控制恒温器的参数。

  • TYPE：指定用于恒温集成的恒温器。

    • NOSE：默认，使用Nose-Hoover恒温器。

  • REGION：确定每个恒温器连接的区域

    • MASSIVE：

  • &NOSE：Nose-Hoover恒温器链的参数

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    &MD
      ENSEMBLE NVT
      STEPS 3000
      TIMESTEP 5
      TEMPERATURE 298
      &THERMOSTAT
        REGION MASSIVE
        &NOSE                   
          TIMECON 100
        &END NOSE
      &END
    &END MD
    • LENGTH：默认是3，Nose-Hoover链的长度
    • YOSHIDA：默认是3，用于恒温yoshida 积分的阶数
    • MTS：默认是2，用于NoseHoover链的多个时间步数
    • TIMECON：默认是1000fs，恒温器链的时间常数

  • &CSVR：通过速度调整温控器的标准采样参数。

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    &MD
      ENSEMBLE NVT
      STEPS 3000
      TIMESTEP 5
      TEMPERATURE 298
      &THERMOSTAT
        &CSVR                    
          TIMECON 100
        &END CSVR
      &END
    &END MD
    • TIMECON：默认是1000fs。CSVR恒温器的时间常数。较小的时间常数会产生较强的恒温作用(对初始平衡有用)，而较大的时间常数则足以在生产运行中产生较弱的恒温作用。

&BAROSTAT

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#NPTx
&MD
  ENSEMBLE NPT_I                #constant temperature and pressure using an isotropic cell
  STEPS 3000
  TIMESTEP 5.
  TEMPERATURE 85.0
  &BAROSTAT
    PRESSURE 0.                 # PRESSURE, unit[bar]
    TIMECON 1000
  &END BAROSTAT
  &THERMOSTAT
    &NOSE
      TIMECON 1000
    &END NOSE
  &END THERMOSTAT
 &END MD
  • PRESSURE：初始压力，默认是0 bar
  • TIMECON：气压时间常数，默认是1000fs

&PRINT

  • &Energy：控制ener文件的输出
    • &EACH：本节指定了该属性的打印频率。本节中的每个关键字都映射到一个特定的迭代级别，这些关键字的值在计算时与迭代级别相匹配。如何处理最后一次迭代在ADD_LAST中单独处理（这意味着每个迭代级别（MD，GEO_OPT，等等），虽然等于0，但可能打印最后一次迭代）。如果指定了一个在计算流程中不存在的迭代级别，它就会被忽略。
      • MD：MD步骤的迭代级别。默认是1。

  • PROGRAM_RUN_INFO：在分子动力学过程中控制基本和摘要信息的打印

    • &EACH：
      • MD：MD步骤的迭代级别。默认是1。

  • FORCE_LAST：如果超时或给出外部EXIT命令，则打印输出并重新启动文件。对于特定的打印键，它仍然需要关键字LAST(以防最后一步不与print_key迭代号匹配)。默认是 .FALSE.

&PRINT

&TRAJECTORY

  • &EACH：
    • MD：MD步骤的迭代级别。默认是1。

&VELOCITIES

  • &EACH：
    • MD：MD步骤的迭代级别。默认是1。

&RESTART

  • &EACH：

    • MD：MD步骤的迭代级别。默认是20。

  • ADD_LAST：如果应该添加最后一个迭代，并且应该象征性地(用小写字母l)标记它或用迭代号标记它。并不是每个迭代级别都能够尽早识别上一次迭代以便能够输出。当此关键字被激活时，将为最后一个迭代步骤检查所有迭代级别。

    • NUMERIC：用迭代号标记上一次迭代

&RESTART_HISTORY

  • &EACH：
    • MD：MD步骤的迭代级别。默认是500。
有用可戳(●ˇ∀ˇ●)