Jing's Notes
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【Pymol】常见指令

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记录Pymol的一些使用过程

安装

pymol有两个版本，官网：

  • 官方商业版
  • 开源版

安装方法wiki上有：Windows Install - PyMOL Wiki

  • 直接使用一键安装（只试了这种方法）

软件界面

参考：PyMOL：安装及入门笔记

pymol-1-1.png

  • ① 菜单栏
  • 红框部分为 External GUI，可以点击 Display - External GUI - Toggle Floating 或使用快捷键 Ctrl + E 将该部分与初始界面分离或合并。
    • ② 操作记录窗口
    • ③ 常用命令窗口
    • ④ 命令输入窗口
  • ⑤ 可视化窗口
  • ⑥ 对象窗口，显示编辑的文件，类似于图层的概念。
  • ⑦ 模式窗口，主要控制鼠标的控制模式

① 菜单栏

File

  • Get PDB：直接通过PDB序列号载入文件，只需在红框中填入 四字母的 PDB ID（如 4hbk），点击下方的 Download 即可。

    pymol-1-2.png

Display

  • Background：设置背景颜色

⑥ 对象窗口

pymol-1-3.png

  • all 代表的是其中包含的所有项目
  • 4hbk 是载入的蛋白
  • （sele）是鼠标目前选中的氨基酸

每个项目中后面均有A、S、H、L 和 C 五个选项，意义如下：

  • A: Action，包含放大、剧中，复制，显示及比对等一系列的操作。
  • S: Show，设置不同的显示方式。
    • as：改变外观为 xxx
    • 其他选项：在原有的基础上，添加XXX这一层外观
  • H: Hide，隐藏显示的方式，与 S 基本对应。
  • L: Label，设置不同的标记方式。
  • C: Color，设置不同的着色方式。

A: Action

pymol-1-4.png

  • preset 可以便捷的修改显示方式，主要有以下几种显示方式：

    • simple：简单形式

    • ball and stick：球棍模型

    • b-factor putty：基于 b-factor 数值显示蛋白的柔性

    • ligand sites：查看小分子和蛋白的氢键作用

    • pretty：美观的 cartoon 样式

    • publication：高质量出版标准

  • generate：显示蛋白的静电势图

    • vacuum_electrostatics - protein contact potentia
  • rename object：重命名
  • Copy to object：复制
  • delete object：删除
  • Hydrogens：氢原子的相关操作
    • add：增加所有氢原子
    • add polar：增加极性氢原子
    • remove：删除所有氢原子
    • remove non polar：删除所有非极性氢原子
  • remove waters：删除水分子

L: Label

image-20260820120801107

择好需要 Lable 的对象后，可以对其进行如下不同方式的标记。

  • L - clear：删除该对象上所有的 Label
  • L - residue：在 α 碳原子上标记其氨基酸残基三字母名字和编号
  • L - residue（oneletter）：标记其氨基酸残基一字母名字和编号
  • L - element symbol：显示对象上所有原子的元素名字
  • L - one letter code：标记其氨基酸残基一字母名字
  • L - vdw radius：显示原子的范德华半径

C: Color

  • C - by element：按原子类型着色
  • C - by chain：按链着色
  • C - by ss：按二级结构着色
  • C - reds：整体标红

⑦ 模式窗口

  • 点击模式窗口中的 S可以显示显示结构序列（或Display - Sequence ）

pymol-1-7.png

切换工作路径及载入文件

  • 不同项目使用不同的工作路径：

    • File - Working Directory - Change... 来切换路径，也可以输入指令进行切换

      1
      2
      3
      4
      # 切换至 C:\Users\DELL\Desktop\pymol\pdb 
      cd C:\Users\DELL\Desktop\pymol\pdb
      # 查看当前工作路径
      pwd

  • 载入文件有三种方式：

    • 点击 File - Open... 加载文件

    • 拖拽文件至可视化窗口

    • 使用 load指令

      1
      2
      # 加载 protein.pdb 
      load protein.pdb

常见指令

align

对齐两个相似蛋白质结构：

1
align your_structure, 目标结构
  • 在 align 命令中，将移动对象指定为 A or L（即同时选中蛋白质和配体）。PyMOL会使用A的原子与B进行匹配计算，但最终会将计算出的旋转平移矩阵，同时应用到A和L这两个对象上。
1
align (A or L), B

matrix_copy

1
matrix_copy A, L
  • 这个命令会将对象A的旋转和平移矩阵直接应用到对象L上，配体L会瞬间移动到对齐后的A的正确口袋位置中。
有用可戳(●ˇ∀ˇ●)