安装

pymol有两个版本，官网：

官方商业版
开源版

安装方法wiki上有：Windows Install - PyMOL Wiki

直接使用一键安装（只试了这种方法）

软件界面

参考：PyMOL：安装及入门笔记

① 菜单栏
红框部分为 External GUI，可以点击 Display - External GUI - Toggle Floating 或使用快捷键 Ctrl + E 将该部分与初始界面分离或合并。
- ② 操作记录窗口
- ③ 常用命令窗口
- ④ 命令输入窗口
⑤ 可视化窗口
⑥ 对象窗口，显示编辑的文件，类似于图层的概念。
⑦ 模式窗口，主要控制鼠标的控制模式

① 菜单栏

File

Get PDB：直接通过PDB序列号载入文件，只需在红框中填入四字母的 PDB ID（如 4hbk），点击下方的 Download 即可。

Display

Background：设置背景颜色

⑥ 对象窗口

all 代表的是其中包含的所有项目
4hbk 是载入的蛋白
（sele）是鼠标目前选中的氨基酸

每个项目中后面均有A、S、H、L 和 C 五个选项，意义如下：

A: Action，包含放大、剧中，复制，显示及比对等一系列的操作。
S: Show，设置不同的显示方式。
- as：改变外观为 xxx
- 其他选项：在原有的基础上，添加XXX这一层外观
H: Hide，隐藏显示的方式，与 S 基本对应。
L: Label，设置不同的标记方式。
C: Color，设置不同的着色方式。

A: Action

preset 可以便捷的修改显示方式，主要有以下几种显示方式：
- simple：简单形式
- ball and stick：球棍模型
- b-factor putty：基于 b-factor 数值显示蛋白的柔性
- ligand sites：查看小分子和蛋白的氢键作用
- pretty：美观的 cartoon 样式
- publication：高质量出版标准
generate：显示蛋白的静电势图
- vacuum_electrostatics - protein contact potentia

rename object：重命名
Copy to object：复制
delete object：删除

Hydrogens：氢原子的相关操作
- add：增加所有氢原子
- add polar：增加极性氢原子
- remove：删除所有氢原子
- remove non polar：删除所有非极性氢原子
remove waters：删除水分子

L: Label

择好需要 Lable 的对象后，可以对其进行如下不同方式的标记。

L - clear：删除该对象上所有的 Label
L - residue：在 α 碳原子上标记其氨基酸残基三字母名字和编号
L - residue（oneletter）：标记其氨基酸残基一字母名字和编号

L - element symbol：显示对象上所有原子的元素名字
L - one letter code：标记其氨基酸残基一字母名字
L - vdw radius：显示原子的范德华半径

C: Color

C - by element：按原子类型着色
C - by chain：按链着色
C - by ss：按二级结构着色
C - reds：整体标红

⑦ 模式窗口

点击模式窗口中的 S可以显示显示结构序列（或Display - Sequence ）

切换工作路径及载入文件

不同项目使用不同的工作路径：
- File - Working Directory - Change... 来切换路径，也可以输入指令进行切换
  1
  2
  3
  4
  # 切换至 C:\Users\DELL\Desktop\pymol\pdb
  cd C:\Users\DELL\Desktop\pymol\pdb
  # 查看当前工作路径
  pwd
载入文件有三种方式：
- 点击 File - Open... 加载文件
- 拖拽文件至可视化窗口
- 使用 load指令
  1
  2
  # 加载 protein.pdb
  load protein.pdb

常见指令

Category:Commands - PyMOL Wiki

align

先进行序列比对，随后进行结构叠加，对序列相似度（同一性>30%）的蛋白质表现不错。对于序列同一性较低的蛋白质，super和cealign命令表现更好。

对齐两个相似蛋白质结构：

1	align mobile, target

Alter/Iterate

alter 命令等效于 iterate 命令，但它提供了对公开变量的读写访问权限。如果更改的标识符会影响原子排序，则需要调用 sort 命令根据新的标识符重新排序。

Count_Atoms

count_atoms 返回所选区域中原子的数量。

1	count_atoms (selection)

Create

可以根据选定的对象创建一个新的分子对象。它也可以用于在现有对象中创建状态。

1	create name, (selection)

extract

extract 命令的作用是把选中的原子从原对象中“剪切”出来，并生成一个新对象

1	extract name, selection [, source_state [, target_state ]]

h_add

1 2	alter sele, formal_charge=1 h_add sele

matrix_copy

Matrix_copy 将对象矩阵从一个对象复制到另一个对象。该命令通常在蛋白质结构比对之后使用，目的是将其他相关对象置于同一参考系中。

1	matrix_copy source_name, target_name

Select

select 函数会根据原子选择创建一个命名选择。

1	select name [, selection [, enable [, quiet [, merge [, state ]]]]]

创建名为“sele”的选区的便捷快捷方式：

1	select (selection)

PyMOL 最基本的选择逻辑是：属性值，resn POPCresidue name 是 POPC 的所有原子。resi 7residue ID 是 7 的所有原子。组合条件用and。resn POPC and resi 7residue name = POPC，并且 residue ID = 7。

Show

show
show reprentation [,object]
show reprentation [,(selection)]
show (selection)

例子：

# 用线条表示主干结构
show lines,(name ca or name c or name n)


# 显示所有对象的带状表示
show ribbon

# 将所有hetero atoms显示为球体
show spheres, het

# 仅显示极性氢
hide everything, ele h
show lines, ele h and neighbor (ele n+o)
# 显示行、ele h 和邻居 (ele n+o)
hide (h. and (e. c extend 1))

#上述代码隐藏了所有非极性氢的表示形式，包括表面表示形式，导致表面表示形式损坏。或许更好的做法是直接移除非极性氢
hide everything, ele h
show lines, ele h and neighbor (ele n+o)
remove (h. and (e. c extend 1))

找出距离 bad_popc 中任意原子 4 Å 以内的蛋白原子。
1
polymer.protein within 4 of bad_popc
找到 4 Å 内的蛋白原子以后，把这些原子所属的整个 residue 都选进来。这对于观察蛋白—配体相互作用特别有用。
1
byres (polymer.protein within 4 of bad_popc)

zoom

缩放操作会调整窗口和原点的大小，使其覆盖所选原子。

1	zoom [ selection [,buffer [, state [, complete ]]]]

例子：

# 根据PyMOL中加载的内容自动缩放
zoom

#
zoom complete=1

# 仅对链A进行缩放
zoom (chain A)

# 在残基142上缩放
zoom 142/

# 中心处对每个对象均匀缩放20埃
center prot1
zoom center, 20

通常情况下，缩放命令会尝试猜测一个最佳的可视化缩放级别，在保证清晰显示的同时，避免原子偶尔被裁剪出视野。您可以通过将“complete ”选项设置为 1 来更改此行为，这将确保整个选区的原子位置都能完整地显示在正交视图的视野中。为了完全防止裁剪，您可能还需要添加一个缓冲区（通常为 2 Å），以补偿透视变换以及超出原子坐标范围的图形表示。

1	complete = 0 or 1

Jing's Notes

【Pymol】常见指令

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