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分子动力学基础知识

系综

系综一词在热力学上用来描述体系所处的热力学状态。字母代表守恒量

粒子数 (Number)、体积(Volumn)、压力(Pressure)、能量(Energy)、温度(Temperature)、焓(Enthalpy)、化学势 (μ)

  • NVT:正则系综,比如用于固定体积采样

  • NPT:等温等压系综。液态体系模拟一般都用此系综,比如用于获得合理密度

  • NVE:微正则系综。用于考察绝热、能量守恒过程,比如用于检验能量守恒
  • μVE:巨正则系综。适合描述开放体系
  • NPH:等焓等压系综
  • NPγT:压力/表面张力/温度、比如用于膜和界面

常见流程:Energy minimization → NVT → NPT → Production MD

  • EM消除原子重叠、溶剂插入过近和异常高能接触
  • NVT稳定温度,常配合位置限制
  • NPT释放盒子体积,使密度和压力趋于合理
  • 生产模拟前应检查温度、压力、密度、势能和结构稳定性
有用可戳(●ˇ∀ˇ●)